鉴频器基础堆积相互作用的重要性:分子动力学分析A73 microhelix (Ala)变异。

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Nagan MC, Beuning P Musier-Forsyth K,克莱默CJ

鉴频器基础堆积相互作用的重要性:分子动力学分析A73 microhelix (Ala)变异。

核酸研究》2000年7月1;28 (13):2527 - 34。

PubMed ID

10871402 (在PubMed

]

文摘

丙氨酸转移从大肠杆菌alanyl-tRNA合成酶(腋下)RNA minihelices模仿tRNA的氨基酸受体抑制(Ala)已经证明,通过分析变异minihelix氨酰化活动,涉及一个过渡态敏感的变化鉴别器的基础在73位置。解核磁共振表明,这个单链核苷酸主要是堆放在G1的第一个碱基对的丙氨酸受体抑制螺旋。我们报告活动的一个新变种73处腺嘌呤取代其非极性等排物4-methylindole (M),尽管缺乏N7这个模拟由腋下的耐受性良好。分子动力学(MD)模拟显示,堆积在G1替换提高位置73基地,以一生叠加分析。额外的MD模拟野生型microhelix (Ala)和6个变种揭示N73基地之间的正相关叠加在G1和氨酰化活动倾向。两DeltaN7变异模拟我们发现倾向堆栈在G1类似于类似的变体,其中包含N7我们得出结论,减少氨酰化效率观察在删除N7可能是因为失去了直接稳定与合成酶的交互。

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药物靶点

药物	目标	类	生物	药理作用	行动
丙氨酸	丙氨酸——tRNA连接酶,胞质	蛋白质	人类	未知的	不可用	细节
丙氨酸	丙氨酸——tRNA连接酶、线粒体	蛋白质	人类	未知的	不可用	细节