低氧诱导因子- 1之间的复杂的模型(HIF-1)及其共识DNA序列。
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米歇尔•G Minet E,欧内斯特,罗兰,杜兰特F, Remacle J•C
低氧诱导因子- 1之间的复杂的模型(HIF-1)及其共识DNA序列。
J Biomol结构动力学。2000年10月,18 (2):169 - 79。
- PubMed ID
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11089639 (在PubMed]
- 文摘
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低氧诱导因子- 1 (HIF-1)是由缺氧heterodimeric转录因子激活的。当激活时,HIF-1介导基因的差异表达,如促红细胞生成素和血管内皮生长因子(VEGF)在缺氧。它是由两个不同的子单元,HIF-1alpha和ARNT(芳基核转运蛋白受体)。这两个子单元属于bHLH(基本Helix-Loop-Helix)不是(/,/ ARNT气道高反应性,Sim)的家庭。bHLH域这些因素负责二聚作用通过DNA结合的两个螺旋和他们的基本领域。在这项工作中,我们使用分子建模的各种方法,以建立一个3 d结构HIF-1 bHLH域绑定到其DNA序列一致。首先,bHLH域的三维结构的子单元基于氨基酸序列的定义。其次,我们将该模型与已知的晶体结构数据的基本亮氨酸zipper-DNA和bHLH-DNA复合物HIF-1为了确定一个潜在的画布。第三,我们进行了手工方式HIF-1 bHLH域到DNA识别网站使用这个画布。最后,protein-DNA复杂的三维结构优化使用蒙特卡罗程序称为蒙蒂。 The model predicted a pattern of interactions between amino acids and DNA bases which reflect for ARNT what is experimentally observed among different X-ray structures of other bHLH transcription factors possessing the H (His), E (Glu), R (Arg) triad, as ARNT does. On the other hand, only the Arg residue is conserved in HIF- 1alpha. We propose from this model that a serine replaces the histidine while an alanine and a lysine also make contacts with DNA. From these results, we postulate that the specificity of HIF-1 toward its DNA sequence could be driven by the HIF-1alpha subunit. The predicted model will be verified by X-Ray currently ongoing.