最优目标基因的识别地区乙型肝炎病毒基因分型的DNA测序。
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公元前Habbal W, Gartner, Monem F
最优目标基因的识别地区乙型肝炎病毒基因分型的DNA测序。
56 Intervirology。2013; (5): 325 - 36。doi: 10.1159 / 000353108。Epub 2013 8月20。
- PubMed ID
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23969496 (在PubMed]
- 文摘
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目的:DNA测序的黄金标准是乙型肝炎病毒(HBV)基因分型。我们研究了各种目标的intergenotypic歧视性的功能基因在整个地区乙肝病毒基因组,引入一种新颖的数据评估方法一般适用于病毒基因分型。方法:七十年的乙肝病毒基因组全序列变异来自50个叙利亚患者的血清加入被确定和分配基因库。从JN257148 JN257217。核苷酸序列重叠群进行了分析与NCBI的参考基因组的HBV基因型。九个目标基因区域分析系统和得分爆炸分析。31 300 - bp重叠序列段在整个基因组中也使用了爆炸分析分析,和intergenotypic歧视性的功能是统计估计为每一个。结果:Intergenotype歧视非常重要当目标完整的基因组,整个或P S基因的编码序列,或任何300 - bp序列片段的编码序列蛋白质或酶n端结构域。有趣的是,intergenotypic歧视性与intragenotype变异能力负相关。结论:某些目标基因的intragenotypic保护区域决定了intergenotypic歧视性的能力和允许可靠的和相对较短的片段的基因。 Our referential genome-wide tabulated guide allows for selecting candidate target gene regions for sequencing-based HBV genotyping. (c) 2013 S. Karger AG, Basel.