的基因组组织Thermotoga maritima反映其生活方式。

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拉蒂夫H, Lerman JA Portnoy VA, Tarasova Y,纳H, Schrimpe-Rutledge AC,史密斯RD, Adkins约,李DH,邱Y, Zengler K

的基因组组织Thermotoga maritima反映其生活方式。

公共科学图书馆麝猫。2013年4月,9 (4):e1003485。doi: 10.1371 / journal.pgen.1003485。Epub 2013年4月25日。

PubMed ID

23637642 (在PubMed

]

文摘

公司数据的一代越来越习惯,然而随后的组学数据的分析仍然是一个重大挑战。这里,这种方法与生物信息学工具集成了多个组学数据集开发生产一些微生物基因组功能的详细注释。这种方法被用来描述的基因组Thermotoga maritima——过去deep-branching, hyperthermophilic细菌。实验数据生成的全基因组重测序,转录起始站点(TSS)决心,转录组分析和蛋白质组分析。这些数据集,结合生物信息学分析工具,作为基础的改善基因注释,转录单位的说明(摘要),假定的非编码rna (ncRNAs)的识别,启动子的决心和核糖体结合位点。这揭示了许多独特的t . maritima基因组组织属性相对于其他细菌。这个基因组的基因/图(3.3),一个缺乏公认的ncRNAs(12),与多个tss和摘要(3.7%)。定量分析的推动者和核糖体结合位点的序列就会增加保护相对于其他细菌。长度5 'utrs遵循一个典型的双峰分布组成的“空头”5 'utrs(17岁nt)和“共同”5 'utrs(26 - 32元)。转录调控是有限的,缺乏对于大多数摘要基因间的空间。 Lastly, a high fraction of annotated genes are expressed independent of growth state and a linear correlation of mRNA/protein is observed (Pearson r = 0.63, p<2.2 x 10(-16) t-test). These distinctive properties are hypothesized to be a reflection of this organism's hyperthermophilic lifestyle and could yield novel insights into the evolutionary trajectory of microbial life on earth.

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多肽

的名字	UniProt ID
核黄素生物合成蛋白质	Q9WZW1	细节
甘露糖苷ABC运输系统,sugar-binding蛋白质	Q9X0V0	细节
转录监管机构,IclR家庭	Q9WXS0	细节
假定的L-rhamnose mutarotase	Q9X0F9	细节
假定的脱氧核糖核酸酶YcfH	Q9WZD5	细节
嘌呤核苷磷酸化酶	Q9X1T2	细节
Laminarinase	Q9WXN1	细节
L-allo-threonine醛缩酶	Q9X266	细节
tRNA-dihydrouridine合酶	Q9WXV1	细节
乙醇脱氢酶,含铁	Q9X022	细节
NADH-dependent丁醇脱氢酶一	Q9WZS7	细节
氧化还原酶,奥尔多/酮还原酶家族	Q9X0A2	细节
核糖5-phosphate异构酶B	Q9X0G9	细节
无特征的蛋白质	Q9X0P2	细节
信号识别颗粒受体FtsY	Q9WZ40	细节
甘油吸收操纵子antiterminator监管蛋白质	Q9X1F0	细节
杆shape-determining蛋白质MreB	Q9WZ57	细节
5-methyltetrahydrofolate S-homocysteine甲基转移酶	Q9WYA5	细节
传感器组氨酸激酶	Q9X180	细节