铜绿假单胞菌的结构和机制PhzD, isochorismatase吩嗪的生物合成途径。
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帕森斯摩根富林明,花茎甘蓝K,艾森斯坦E,拉我
铜绿假单胞菌的结构和机制PhzD, isochorismatase吩嗪的生物合成途径。
生物化学,2003年5月20日,42 (19):5684 - 93。
- PubMed ID
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12741825 (在PubMed]
- 文摘
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PhzD从铜绿假单胞菌是一种isochorismatase参与吩嗪合成。吩嗪抗菌化合物为假单胞菌提供一个竞争优势在特定环境和可能是假单胞菌感染的持久性的部分原因。体内,PhzD催化的水解乙烯基醚2-amino-2-deoxyisochorismate官能团,产生丙酮酸,trans-2 3-dihydro-3-hydroxyanthranilic酸,然后利用吩嗪的生物合成途径。PhzD也催化水解相关的乙烯基醚isochorismate, chorismate, 4-amino-4-deoxychorismate。这里我们报告1.5本地PhzD的晶体结构,和1.6结构的不活跃D38A变体与isochorismate复杂。结构表明,isochorismate绑定到PhzD trans-diaxial构象活性部位,和叠加的结构表明,亚甲基pyruvyl isochorismate是相邻的碳侧链羧酸盐的天冬氨酸38。天冬氨酸的接近38 isochorismate和产生的活动完全丧失38天冬氨酸转换成丙氨酸建议的机制羧酸盐作为一般酸使质子化衬底,产生碳正离子/ oxocarbonium离子,然后迅速水化形成半缩酮中间体,然后自发分解产品。PhzD的结构非常类似于其他结构的亚科α/ beta-hydrolase包括pyrazinamidase和N-carbamoylsarcosine水解酶的酶。然而,PhzD无关的催化化学和缺乏一个亲核的半胱氨酸发现结构性近亲。PhzD代表另一个的乙烯基醚水解催化催化的α多样性的例子/ beta-hydrolase家族,其成员也被水解酰胺,磷酸盐,为原料,环氧化合物和cx债券。