铜绿假单胞菌基因组数据库和PseudoCAP:促进以社区为基础,不断更新,基因组注释。
文章的细节
-
引用
复制到剪贴板 -
温莎GL, Lo R,何鸿燊隋SJ,) KS,黄,程D,京工作,汉考克再保险、Brinkman FS
铜绿假单胞菌基因组数据库和PseudoCAP:促进以社区为基础,不断更新,基因组注释。
核酸研究》2005年1月1日,33(数据库问题):D338-43。
- PubMed ID
-
15608211 (在PubMed]
- 文摘
-
用铜绿假单胞菌基因组计划作为测试用例,我们开发了一个数据库,并提交系统促进以社区为基础的方法来不断更新基因组注释(http://www.pseudomonas.com)。研究人员提交提议注释更新通过三种网络形式选项然后受到审查,如果接受,进入数据库和日志文件的更新与作者确认。此外,协调员不断评论文学合适的更新,等我们发现评论是最有效的。注释数据库和数据库updates-log布尔搜索功能能够搜索结果排序结果和下载所有数据或文件一样。来补充这个同行评议的基因组注释外,我们还提供一个链GBrowse视图显示备用注释。额外的工具和分析也集成,包括PseudoCyc和敲除突变信息。我们建议这个数据库系统,专注于促进灵活的数据查询和提供两个同行评议的注释以及备用注释信息,可能是一个合适的模型,希望使用其他基因组项目不断更新,以社区为基础的注释的方法。下的源代码是免费的GNU通用公共许可证。