假单胞菌基因组数据库:促进友好的、全面的微生物基因组的比较。
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温莎GL, Van Rossum T, Lo R, Khaira B,怀特塞德医学博士,汉考克再保险,Brinkman FS
假单胞菌基因组数据库:促进友好的、全面的微生物基因组的比较。
核酸研究》2009年1月,37(数据库问题):D483-8。doi: 10.1093 / nar / gkn861。Epub 2008年10月31日。
- PubMed ID
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18978025 (在PubMed]
- 文摘
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铜绿假单胞菌是一种专门研究机会病原体,尤其以其内在的抗菌素耐药性,多样化的代谢能力,它能够导致囊性纤维化患者威胁生命的感染。假单胞菌基因组数据库(http://www.pseudomonas.com)最初是作为同行评议的资源开发,不断更新注释的铜绿假单胞菌PAO1参考菌株基因组。为了方便cross-strain和跨物种基因组比较与其他假单胞菌的物种的重要性,我们已经扩大了数据库功能包括所有假单胞菌的物种,并开发或整合促进高质量的比较基因组学的方法。直接同源的数据库包含强大的评估,一本小说直接同源聚类方法,包含5的数据视图序列和注释水平(Gbrowse、淡紫色和自定义视图)来促进基因组的比较。选择简单和更灵活的用户友好的布尔搜索功能可以让研究者去搜索和比较基因组之间及其内部的注释或序列。其他的特性还包括更精确的蛋白质亚细胞定位预测和用户友好的,布尔搜索日志文件的更新参考应变PAO1。这个数据库旨在继续提供一个高质量、注释基因组研究社区和资源是一个开源许可下可用。