快速、系统分析识别特异性RNA的RNA结合蛋白。
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雷D,喀山H,陈等,佩纳卡斯蒂略L,乔杜里年代,Talukder年代,布兰考BJ,莫里斯Q,休斯TR
快速、系统分析识别特异性RNA的RNA结合蛋白。
生物科技Nat》。2009年7月27日(7):667 - 70。doi: 10.1038 / nbt.1550。Epub 2009年6月28日。
- PubMed ID
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19561594 (在PubMed]
- 文摘
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后生动物基因组编码数以百计的rna结合蛋白(RBPs)但rna结合偏好RBPs已经定义良好的相对较少。目前确定RNA的技术目标,包括体外选择和RNA co-immunoprecipitation,需要大量的时间和劳动力投资。这里我们介绍RNAcompete, RNA特异性结合的系统分析方法,使用一个绑定的反应来确定的相对偏好RBPs短RNA包含一个完整的结构化和非结构化的k-mers RNA上下文。我们测试了RNAcompete通过分析九个不同RBPs(户珥,Vts1 FUSIP1,肺结核,U1A SF2 / ASF, SLM2, RBM4和YB1)。RNAcompete确定预期的和未知的RNA绑定的偏好。利用体外和体内绑定数据,我们表明,偏好个人7-mers被RNAcompete绑定活动比传统的更准确表示主题模型。我们预料RNAcompete将是一个有价值的工具,用于rna蛋白质相互作用的研究。