调查的金属离子结合phosphonoacetaldehyde metal-activated酶的水解酶识别序列标记酶总科。
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张极其张G, MC,戴笠J, W, Dunaway-Mariano D,艾伦KN
调查的金属离子结合phosphonoacetaldehyde metal-activated酶的水解酶识别序列标记酶总科。
生物化学,2004年5月4日,43 (17):4990 - 7。
- PubMed ID
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15109258 (在PubMed]
- 文摘
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2-haloalkanoic酸dehalogenase家人(有),其中包含两个碳和磷酰转移酶,是一个已知的最大酶总科。成员保存一个α,beta-core域帧的for循环活性部位的平台。每个循环的贡献一个或多个催化组,在中介核心化学(即函数。、集团转让)。在本文中,我们提供的证据表明,羧酸盐残留在循环4的数量和他们的位置(站)循环的决定因素,因此可靠的序列标记,对金属离子激活的家庭成员。使用这个预测,我们得出这样的结论:绝大多数成员利用金属辅因子。最低要求的分析金属辅因子进行绑定使用Mg (II)激活蜡样芽胞杆菌phosphonoacetaldehyde水解酶(phosphonatase)作为实验模型metal-activated成员。毫克(II)绑定发生通过结扎的循环1 Asp12羧酸盐和Thr14骨干羰基和循环4 Asp186羧酸盐。循环4 Asp190形成氢键的毫克(II)水配体。D12A突变体的x射线结构测定底物的存在phosphonoacetaldehyde表明更换循环1 Asp,普遍都有家庭成员,在阿拉巴马州的位置变化毫克(II),从而允许innersphere协调Asp190,导致转移衬底的位置。动力循环4突变体的分析表明,Asp186是至关重要的代数余子式绑定而Asp190仅仅起到了促进的作用。 Within the phosphonatase subfamily, Asp186 is stringently conserved, while either position 185 or position 190 is used to position the second loop 4 Asp residue. Retention of a high level of catalytic activity in the G185D/D190G phosphonatase mutant demonstrated the plasticity of the metal binding loop, reflected in the variety of combinations in positioning of two or three Asp residues along the seven-residue motif of the 2700 potential HAD sequences that were examined.