过渡态复杂间日疟原虫:purine-specific核苷水解酶的酶构象变化和对催化的影响。
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诗W,巴洛J, Steyaert J
过渡态复杂间日疟原虫:purine-specific核苷水解酶的酶构象变化和对催化的影响。
J杂志。2006年6月2,359(2):331 - 46所示。Epub 2006年3月29日。
- PubMed ID
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16630632 (在PubMed]
- 文摘
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核苷水解酶裂解N-glycosidic核糖核苷的债券。purine-specific核苷水解酶的晶体结构锥虫属间日疟原虫曾被解决在复杂的抑制剂或衬底。所有这些结构显示二聚的t .间日疟原虫核苷水解酶,具有高度灵活的“开放”活性部位循环(循环2)附近。在这里,我们目前的t .间日疟原虫核苷水解酶的晶体结构与浸泡(TvNH-ImmH(浸泡))和co-crystallised (TvNH-ImmH (co)过渡态抑制剂immucillin H (ImmH或(1)1 - (9-deazahypoxanthin-9-yl) 1, 4-dideoxy-1, 4-imino-D-ribitol) 2.1和2.2分辨率,分别。co-crystallised结构、循环2是有序和折叠活性部位,建立以前酶抑制剂相互作用。因此这个结构提出的第一个完整purine-specific NH活跃的网站,包括离去基团的相互作用。在封闭的活性部位,水通道的高度有序的分子导致的N7从核苷对大部分溶剂,而Trp260方法nucleobase严格平行叠加交互。一起诱变结果,这种结构排除离去基团活化的机制一般酸催化,作为base-aspecific核苷水解酶的提议。相反,结构符合先前提出的离去基团的质子化作用机制t间日疟原虫核苷水解酶,芳香堆积Trp260和一个分子内O5 -H8C氢键增加pKa N7足够让质子化作用的溶剂。机制,夫妻循环关闭活性位点残基的位置比较的基础上提出了浸泡结构与co-crystallized结构。 Interestingly, the dimer interface area increases by 40% upon closure of loop 2, with loop 1 of one subunit interacting with loop 2 of the other subunit, suggesting a relationship between the dimeric form of the enzyme and its catalytic activity.