构象抽样、催化和细菌phosphotriesterase的进化。
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杰克逊CJ, Foo JL Tokuriki N, Afriat L,卡尔PD, Kim香港Schenk G,陶菲克DS,奥利DL
构象抽样、催化和细菌phosphotriesterase的进化。
《美国国家科学院刊S a . 2009年12月22日;106 (51):21631 - 6。doi: 10.1073 / pnas.0907548106。Epub 2009年12月4。
- PubMed ID
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19966226 (在PubMed]
- 文摘
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有效地催化化学反应,酶是需要保持快速形成的米歇利斯复杂,化学反应和产品发布。这些不同的需求可以满足不同构象之间通过波动亚态(CSs)具有独特的结构和催化性能。然而,讨论如何这些快速构象变化,或动力学、影响催化。作为一个模型系统,我们研究了细菌phosphotriesterase (PTE),催化水解的农药对氧磷速率受限于物理barrier-either基质扩散或构象变化。对氧磷水解机制详细理解,是基于一个主导、酶构象。然而,其他方面的衬底营业额(衬底绑定和产品发布),尽管可能病原反应,得到了相对较少的关注。这项工作将“开放”与“封闭”CSs PTE和酶的主导结构过渡连接。封闭的状态是最佳preorganized对氧磷水解,但似乎屏蔽/活性部位。相反,开放CS允许访问水解的活性部位但组织得很糟糕。突变的分析结构和动力学的影响远从活性部位表明远程突变影响周转率通过改变构象景观。