结合功能和结构基因组学基本洋葱structome示例。
文章的细节
-
引用
复制到剪贴板 -
鲍夫L,加拉格尔拉,Patrapuvich R,克利夫顿MC, Gardberg,爱德华兹TE,甲B,贝格利DW, SH,海因兹Dranow DM, Abendroth J, Fairman JW,福克斯D 3日股份提单,显象我,Gillespie,崔R, Nakazawa-Hewitt年代,Nguyen太Napuli,巴雷特L, Buchko GW,史黛西R,迈勒PJ,斯图尔特LJ, Manoil C, Van Voorhis WC
结合功能和结构基因组学基本洋葱structome示例。
《公共科学图书馆•综合》。2013;8 (1):e53851。doi: 10.1371 / journal.pone.0053851。Epub 2013年1月31日。
- PubMed ID
-
23382856 (在PubMed]
- 文摘
-
背景:属洋葱包括致病革兰氏阴性细菌,导致类鼻疽,马鼻疽和肺感染患者的癌症和囊性纤维化。开发新抗菌素耐药性使得至关重要。许多方法来发现新的抗菌素,如基于结构的药物设计和完整的细胞表型屏幕之后,细化,需要高分辨率的蛋白质结构必不可少的寄生虫。方法/主要结果:我们实验确定406年b . thailandensis公认的重要基因,low-virulence物种系统类似于b .举办类鼻疽的病原体,使用饱和电平转座子突变和下一代测序(Tn-seq)。我们选择315这些基因的蛋白质产物基于结构测定标准,比如排除非常大的膜蛋白和/或积分,并进入到西雅图结构基因组学中心感染疾病(SSGCID)结构确定管道。最大化结构的报道这些目标,我们应用一个“直接同源救援”战略,对于那些生产不溶性或难以结晶蛋白质,导致387年的除了直接同源(或假字)从其他七个洋葱物种SSGCID管道。这种结构基因组学的方法产生了结构从b . thailandensis 31公认的基本目标,从其他洋葱和25直接同源物种,产生一个总体结构覆盖49 406基本基因家族,共有88口供到蛋白质数据银行。其中25蛋白质性质的目标即潜在的抗菌药物。,没有接近人类同族体,一个重要的代谢途径的一部分,一个深绑定的口袋里。我们描述详细一些潜在的药物靶标的结构。 CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: This collection of structures, solubility and experimental essentiality data provides a resource for development of drugs against infections and diseases caused by Burkholderia. All expression clones and proteins created in this study are freely available by request.