视网膜色素变性患者的全基因组测序揭示病原DNA结构变化和NEK2作为一种新的疾病基因。
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Nishiguchi公里,Tearle RG,刘YP EC,宅一生N, P扑出,哈珀年代,Koskiniemi-Kuendig H, Venturini G,莎伦·D, Koenekoop RK,中村M,近藤M,上野年代,Yasuma TR,贝克曼JS, Ikegawa年代,松本N,寺崎H, Berson EL, Katsanis N, Rivolta C
视网膜色素变性患者的全基因组测序揭示病原DNA结构变化和NEK2作为一种新的疾病基因。
《美国国家科学院刊S a . 2013年10月1日;110 (40):16139 - 44。doi: 10.1073 / pnas.1308243110。Epub 2013年9月16日。
- PubMed ID
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24043777 (在PubMed]
- 文摘
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我们进行全基因组测序在16个无关的常染色体隐性患者视网膜色素变性(ARRP),特征是进行性视网膜变性疾病和引起的突变在50多个基因,寻找致病基因的变异。8名患者来自北美,而八是日本人口的ARRP似乎有不同的基因的司机。使用特定的工作流程,我们评估了人类基因组的编码和非编码区域,包括评估高度多态的单核苷酸多态性,结构和拷贝数变化,以及69年控制基因组测序同样的程序。我们检测到纯合子或复合杂合的基因突变在7与ARRP (USH2A、RDH12 CNGB1,看来,PDE6B, DFNB31,和CERKL)八个病人,三个日本和五个美国人。十四16突变等位基因的识别是未知的。其中,有一个2.3 kb删除USH2A和倒置的重复的~ 446 kb的眼睛,可能会逃脱传统的筛选技术或外显子组测序。此外,在另一个日本病人,我们发现了一个纯合子的转移(p.L206fs),没有在2500多个染色体种族匹配控制,纤毛NEK2基因,编码丝氨酸/ threonine-protein激酶。失活的基因在斑马鱼诱导视网膜光感受器由人类NEK2 mRNA获救的缺陷。除了识别从没ARRP基因,我们的研究强调了罕见的DNA结构的变化的重要性孟德尔疾病和支持者筛查方法的必要性,超越了人类基因组的编码序列的分析。