高分辨率质粒在不同宿主细菌转录组的映射。
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Miyakoshi M, Nishida H, Shintani M, Yamane H, Nojiri H
高分辨率质粒在不同宿主细菌转录组的映射。
BMC基因组学。2009年1月9日,十12。doi: 10.1186 / 1471-2164-10-12。
- PubMed ID
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19134166 (在PubMed]
- 文摘
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背景:自主复制的质粒是染色体外的元素,可以通过结合细菌细胞之间的传播。尽管在质粒基因的转录模式的改变可以改变主机背景,质粒基因的表达范围将导致表型变异还没有定量调查。结果:使用微阵列与均匀平铺的探针密度9 bp,我们映射和量化的成绩单咔唑降解质粒pCAR1在其原始主机假单胞菌resinovorans CA10和transconjugant p putida KT2440 (pCAR1)增长咔唑或琥珀酸为唯一碳源。pCAR1我们确定了操纵子,是几乎相同的转录单位尽管主机背景的差异在增长在同一碳源。根据先前的研究,分解了咔唑降解操纵子调节在咔唑在主机上的增长。然而,我们的瓷砖数组结果还显示,一些操纵子侧翼转移基因簇在转录水平明显高于transconjugant比原始主机。记录和转录的位置开始网站同意我们定量rt - pcr和引物延伸的结果。结论:我们的瓷砖数组结果表明操纵子的转录水平的质粒可以随主机上的背景。高分辨率映射使用无偏花砖数组是一个有价值的工具,用于同时识别和量化的原核转录组包括多顺反子操纵子和非编码rna。