动力学和结构洞察BphD的机制,一个碳碳键水解酶的联苯降解途径。
文章的细节
-
引用
复制到剪贴板 -
戴Horsman GP,柯J,年代,Seah SY,柏林JT, Eltis LD
动力学和结构洞察BphD的机制,一个碳碳键水解酶的联苯降解途径。
生物化学。2006年9月19日,45 (37):11071 - 86。
- PubMed ID
-
16964968 (在PubMed]
- 文摘
-
动力学和结构分析2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2, 4-dienoic酸(HOPDA)水解酶从洋葱xenovorans LB400 (BphD (LB400))提供洞察这个不同寻常的丝氨酸水解酶的催化机理。单一营业额25摄氏度stopped-flow分析表明,这种酶迅速(1 /τ(1)大约500年代(1))转换HOPDA(λ(max) = 434海里)为一种电子吸收最大值在473和492海里。的吸光度enzyme-bound物种(E: S)两相的方式衰变(1 /τ(2)= 54(1),1 /τ(3)= 6 S(1)大约k (cat))与同步两相的外观(48和8(1))的吸光度乐队在270 nm的特点的一个产品,2-hydroxypenta-2, 4-dienoic酸(HPD)。增加与甘油溶液粘度下降1 /τ(1)和1 /τ(2)但影响1 /τ(3)和k (cat),这表明1 /τ(2)可能反映了扩散HPD离解(和1 /τ(3)代表一个分子内的事件。产物抑制的研究表明,其他产品,苯甲酸,HPD后被释放。与相关水解酶的研究,我们发现没有证据表明ketonized HOPDA部分水解前发布,因此,假定两相的动力学反映两种机制之一,等待分配E: S(λ(max) = 492海里)。野生型的晶体结构,S112C变体,S112C孵化与HOPDA都决心1.6决议。后者揭示了dienoate守恒的活性位点残基之间的相互作用和衬底的一部分。最明显的是,催化残His265是二羟基氢键HOPDA /氧基取代基,在催化ketonization符合角色。数据更符合一个酰基酶比gem-diol中间的形成机制。