竞争性抑制剂复合物结构protocatechuate 3 4-dioxygenase:多个外源性配体结合活性部位中的取向。
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奥维尔,Elango N,以至于JD,黑轮DH
竞争性抑制剂复合物结构protocatechuate 3 4-dioxygenase:多个外源性配体结合活性部位中的取向。
生物化学。1997年8月19日,36 (33):10039 - 51。
- PubMed ID
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9254599 (在PubMed]
- 文摘
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4-PCD Protocatechuate 3 4-dioxygenase(3)催化氧化环劈理的4-dihydroxybenzoate产生beta-carboxy-cis, cis-muconate。晶体结构的假单胞菌putida3, 4-PCD[四级结构(alphabetaFe3 +) 12]包裹着七个竞争性抑制剂(3-hydroxyphenylacetate (MHP), 4-hydroxyphenylacetate (PHP), 3-hydroxybenzoate (MHB) 4-hydroxybenzoate (PHB) 3-fluoro-4-hydroxybenzoate (FHB) 3-chloro-4-hydroxybenzoate(慢性乙肝),和3-iodo-4-hydroxybenzoate科学院水生生物研究所(IHB)]报告在2.0 - -2.2决议r个因子为0。0.159 - -0.179。抑制剂绑定在一个狭窄的活性部位裂缝内衬残留提供一个微环境,密切与化学抑制剂的特性。这导致20% solvent-exposed表面积高亲和力的抑制剂(慢性乙肝的PHB,和FHB)。非复杂3,4-PCD活性部位Fe3 +绑定底部的活性部位裂缝由四个内源性配体和溶剂分子(Wat827)。内源性配体的取向相对平静的在每个抑制剂复杂,但附近的抑制剂结合或铁的位置,所有的这些扰乱Wat827的位置。三个lowest-affinity抑制剂(MHP、PHP和水生生物研究所)产生扭曲的三角双锥体铁协调几何的抑制剂C4-phenolate集团取代溶剂配位体。MHB结合在活性位点,但是其C3-OH组和溶剂分子与铁结合。C4-phenolate组的三个highest-affinity抑制剂(慢性乙肝的PHB, FHB)坐标Fe3 +毗邻Wat827,导致产生转变立场six-coordinate扭曲的八面体几何。 The range of inhibitor orientations may mimic the mechanistically significant stages of substrate binding to 3, 4-PCD. The structure of the final substrate complex is reported in the following paper [Orville, A. M., Lipscomb, J. D., & Ohlendorf, D. H. (1997) Biochemistry 36, 10052-10066].