分子动力学模拟的丙级beta-lactamase枸橼酸杆菌属freundii:洞察基酰化的催化剂。

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迪亚兹N,苏亚雷斯D, Sordo TL

分子动力学模拟的丙级beta-lactamase枸橼酸杆菌属freundii:洞察基酰化的催化剂。

生物化学。2006年1月17日,45 (2):439 - 51。

PubMed ID

16401074 (在PubMed

]

文摘

本文报导的结果,分子动力学(MD)模拟的丙级beta-lactamase枸橼酸杆菌属freundii及其米歇利斯与aztreonam复杂。四个不同的活性部位的配置建模在水溶液中,和他们的相对稳定是估计通过量子力学能量计算。自由酶,大力最稳定的配置提供一个中立Lys67残留或阴离子Tyr150侧链。我们的计算预测,这两个配置是很近的自由能,阴离子Tyr150状态被大约1千卡每摩尔青睐。相比之下,非共价复杂之间形成c . freundii酶和aztreonam,精力充沛的分析预测,配置与中性Lys67残渣更稳定比阴离子Tyr150(大约20千卡每摩尔)。此外,MD模拟表明,中性Lys67状态导致适当的enzyme-aztreonam取向为亲核攻击和在一个非常稳定的接触亲核Ser64羟基和中性氨基酸侧链Lys67。因此,自由能计算和结构分析支持Lys67的分配为基础的催化剂的原生形式的酰化步骤c freundii酶。

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药物靶点

药物	目标	类	生物	药理作用	行动
Aztreonam	Beta-lactamase	蛋白质	枸橼酸杆菌属freundii	是的	电位器	细节