过渡态的分析肺炎链球菌5 ' -methylthioadenosine核苷酶。

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辛格V,施拉姆六世

过渡态的分析肺炎链球菌5 ' -methylthioadenosine核苷酶。

J是化学Soc。2007年3月14日,129 (10):2783 - 95。Epub 2007年2月14。

PubMed ID

17298059 (在PubMed

]

文摘

动力学同位素效应(黄铁矿)和计算机建模用于近似过渡态的肺炎链球菌5 ' -methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine核苷酶(MTAN)。实验测量黄铁矿和纠正一个小前锋承诺因素。内在黄铁矿得到[1的3 h]、[1 ' -14 c], [2 ' 3 h], [4 3 h]、[5 ' 3 h (2)]、[9-15N]和[Me-3H (3)] mta协同工作。内在黄铁矿建议SN1过渡态无共价亲核试剂参与的腺嘌呤或水。过渡态是建模为一个稳定ribooxacarbenium离子中间约束以适应内在的黄铁矿。的同位素效应预测3-endo构象ribosyl oxacarbenium-ion对应H1往上平移的c2 h2的反角70度。从头开始达到这个和DFT计算进行研究的极化效应ribosyl氢氧根,扭转角度和方向基于同位素效应的影响。计算表明,4的3 h KIE源自超共轭lonepair之间(n (p))把O4的和σ* (C4 h4)反键轨道由于极化的3 '羟基Glu174。(methyl-3H (3)] KIE np之间由于超共轭甲基硫和σ*的碳氢键。van der Waal联系人增加1的3 h KIE因为诱导偶极-偶极相互作用。 The 1'-3H KIE is also influenced by the torsion angles of adjacent atoms and by polarization of the 2'-hydroxyl. Changing the virtual solvent (dielectric constant) does not influence the isotope effects. Unlike most N-ribosyltransferases, N7 of the leaving group adenine is not protonated at the transition state of S. pneumoniae MTAN. This feature differentiates the S. pneumoniae and E. coli transition states and explains the 10(3)-fold decrease in the catalytic efficiency of S. pneumoniae MTAN relative to that from E. coli.

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药物靶点

药物	目标	类	生物	药理作用	行动
腺嘌呤	5 ' -methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine核苷酶	蛋白质	大肠杆菌(应变K12)	未知的	不可用	细节