EcoRV酶及其复合物的晶体结构同源和non-cognate DNA片段。
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温克勒颗,横幅DW, Oefner C, Tsernoglou D,布朗RS Heathman SP,布赖恩•RK马丁•PD Petratos K,威尔逊KS
EcoRV酶及其复合物的晶体结构同源和non-cognate DNA片段。
EMBO j . 1993; 12 (5): 1781 - 95。
- PubMed ID
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8491171 (在PubMed]
- 文摘
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EcoRV酶的晶体结构被确定为2.5决议及其配合物与DNA同源decamer GGGATATCCC(识别序列强调)和DNA non-cognate八聚物CGAGCTCG 3.0一项决议。两个八聚物的工器non-cognate DNA,堆叠的端到端,注定B-DNA-like二聚的酶的构象。这个复杂的蛋白质- DNA相互作用为非特异性DNA被绑定。相比之下,只有一个同源decamer双绑定和大幅偏离规范b形式的DNA。最值得注意的是,大约50度的扭结是观察到中央TA与相应的压缩主要槽。Base-specific氢键酶和识别碱基对之间只发生在主要的槽。这些交互出现高度合作,因为他们都是通过一个短面循环包括残留182 - 186。大量接触糖磷酸骨架扩展超出了识别序列中观察到两种类型的复杂。然而,总表面积埋在复杂地层大> 1800 A2的DNA同源绑定。两个酸性侧链,Asp74 Asp90,接近活性磷酸二酯组同源的复杂和最有可能提供氧配体结合必要的辅助因子Mg2 +。 An important role is also indicated for Lys92, which together with the two acidic functions appears to be conserved in the otherwise unrelated structure of EcoRI endonuclease. The structural results give new insight into the physical basis of the remarkable sequence specificity of this enzyme.