protein-induced弯曲在DNA的特异性识别:晶体结构的EcoRV核酸内切酶和d (AAAGAT) + d (ATCTT)。
文章的细节
-
引用
复制到剪贴板 -
霍顿数控,Perona一起JJ
protein-induced弯曲在DNA的特异性识别:晶体结构的EcoRV核酸内切酶和d (AAAGAT) + d (ATCTT)。
J杂志。1998年4月10日,277 (4):779 - 87。
- PubMed ID
-
9545372 (在PubMed]
- 文摘
-
EcoRV酶的晶体结构被确定在2。1解决复杂的两个five-base-pair DNA工器包含同源half-site认可。高度本地化50度弯曲成的主要槽的中心TA-step连续GATATC网站保存在这不连续DNA复杂缺乏易裂开的磷酸盐。因此,这种晶体结构提供了证据表明,共价约束与连续目标站点没有必要enzyme-induced DNA弯曲,即使这些约束在弯曲的轨迹直接删除。易裂开的磷酸盐也缺席EcoRV绑定到晶体结构的非特异性网站TCGCGA,这显示了一个直b构象。我们得出这样的结论:DNA弯曲EcoRV管理只有序列并不是受磷酸二酯骨架的连续性的影响。与其他数据显示,劈得开的non-cognate网站弯曲,这些结果表明,EcoRV弯曲non-cognate GATATC网站由一个或两个碱基对不同,但不弯曲非特异性不太相似的网站。结构和热力学因素表明,DNA弯曲的顺序相依能源成本可能会扮演一个重要的角色在决定EcoRV的特异性。这个微分绑定步骤的成本是体现弯曲non-cognate催化步骤的序列和不屈服的非特异性序列。