比较基因组学和实验表征N-acetylglucosamine利用途径Shewanella oneidensis。

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杨C, Rodionov哒,李X, Laikova,盖尔芬德女士,Zagnitko OP, Romine MF, Obraztsova AY,尼尔森KH,奥斯特曼

比较基因组学和实验表征N-acetylglucosamine利用途径Shewanella oneidensis。

J生物化学杂志。2006年10月6日,281 (40):29872 - 85。Epub 2006 7月20。

PubMed ID

16857666 (在PubMed

]

文摘

我们使用比较基因组学的方法实现种子注释环境重建甲壳素和GlcNAc利用子系统和监管网络在大多数变形菌门,其中包括11种Shewanella完全测序的基因组。比较分析候选人监管网站允许我们描述三个不同GlcNAc-specific调节子,NagC, NagR, NagQ,在各种变形菌门和初步分配一些新颖的基因与特定的功能角色,特别是新GlcNAc-related运输系统,这个子系统。注释基因SO3506 SO3507,原是假设在Shewanella oneidensis MR-1,提出了新颖的变体编码GlcN-6-P脱氨酶和GlcNAc激酶,分别。调整的GlcNAc异化的途径在体外使用这些纯化重组蛋白和GlcNAc-6-P脱乙酰酶(SO3505)验证整个通路。GlcN-6-P脱氨酶的动力学特征表明,它是由GlcNAc-6-P变构激活的主题。与基因组数据一致,除美国以外的所有测试Shewanella菌株frigidimarina,缺乏代表GlcNAc代谢的基因,能够利用GlcNAc为唯一碳源和能源。本研究的范围扩大碳基质利用Shewanella spp,明确地提出了几个几丁质代谢基因,并描述了小说的经典三步生化转化到GlcNAc果糖- 6 -磷酸在大肠杆菌中描述。

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药物靶点

药物	目标	类	生物	药理作用	行动
N-Acetylglucosamine	N-acetyl-D-glucosamine激酶	蛋白质	人类	未知的	不可用	细节