基因组序列的Haloarcula marismortui:嗜盐的archaeon从死海。
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Baliga NS,邦R, Facciotti MT,锅,Glusman G, Deutsch电子战,香农P,赵Y,翁RS, Gan RR,挂P, SV约会,马克特E罩L Ng西弗吉尼亚州
基因组序列的Haloarcula marismortui:嗜盐的archaeon从死海。
基因组研究》2004年11月,14 (11):2221 - 34。
- PubMed ID
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15520287 (在PubMed]
- 文摘
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我们报告的完整序列4274642 - bp的基因组Haloarcula marismortui,死海的嗜盐古细菌隔离。基因组分为九个圆形经由不同的G + C成分从54%到62%不等。比较基因组的架构Halobacterium sp。NRC-1和h marismortui表明两种生物的共同祖先和显著降低的基因组大小在前。这两种嗜盐古生菌使用相同的策略高表面负电荷的蛋白质折叠的方式规避细胞质咸水环境的盐析现象。多层注释的方法,包括主序列相似性,蛋白质家族签名,结构预测,和蛋白质功能关联网络,已假定的分配函数至少58%的4242年预测蛋白质,比通常更多实现在大多数新测序的微生物。其中分配功能六视蛋白基因编码,19 MCP和/或HAMP域信号传感器和异常多的环境响应regulators-nearly五倍的编码Halobacterium sp。NRC-1——建议h . marismortui生理上更有能力利用多样化的环境。在比较两种嗜盐古生菌的酶活性,除了预期的广泛的相似性,我们发现了一些他们的代谢差异战略和生理反应如精氨酸分解在每一个不同的路径数据。最后,正如预期的更大的基因组,h . marismortui编码更多的功能和生存似乎更少的营养需求比Halobacterium NRC-1 sp。