当地DNA序列的影响配体之间的相互作用与他们喜欢的结合位点。

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汉普郡AJ,福克斯KR

当地DNA序列的影响配体之间的相互作用与他们喜欢的结合位点。

Biochimie。2008年7月,90 (7):988 - 98。doi: 10.1016 / j.biochi.2008.01.001。Epub 2008年1月11日。

PubMed ID

18226601 (在PubMed

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文摘

我们有检查当地的影响DNA序列的交互distamycin,赫斯特33258年echinomycin,放线菌素,光神霉素使用一系列的与他们喜欢的结合位点DNA片段包含每一个对称hexanucleotide序列。在一些实例中我们发现配体的亲和力的首选的结合位点的影响他们位于hexanucleotide上下文。在选小沟结合配体赫斯特33258年200倍不同绑定的16个不同的X (a / T) (4) Y网站;最强的绑定是AAATTT和最弱的是(G / C) TTAA (C / G)。尽管TTAA通常是一个可怜的结合位点,ATTAAT比TTTAAA和他们都是比GTTAAC CTTAAG。同样,TTATAA和ATATAT比GTATAC和CTATAG更好的结合位点。相比之下,distamycin显示更少的歧视之间的各种X (A / T)(4)网站,用最好的20倍区别[(A / T) AATT (T / A)]和最差(GATATC和(G / C) TTAA (C / G))的网站。尽管放线菌素结合GpC它显示了很少或没有与任何GGCC互动网站,但只显示6倍其他XYGCXY网站相似的变化。Echinomycin结合CpG还没有绑定TTCGAA, TGCGCA和AGCGCT,而最好的绑定是AACGTT。的tetranucleotides CCGG和ACGT产生持续良好的结合位点,无论周围的序列,而TCGA互动和GCGC hexanucleotide上下文敏感。 Hexanucleotides with a central GCGC, flanked by A and T are weaker echinomycin sites than those flanked by G and C, especially CGCGCG. The best X(G/C)(4)Y binding sites for mithramycin were located at AGCGCT and GGGCCC, and the worst at CCCGGG and TCCGGA. These footprinting fragments are valuable tools for comparing the binding of ligands to all the potential symmetrical hexanucleotides and provide insights into the effects of local DNA sequence on ligand-DNA interactions.

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药物靶点

药物	目标	类	生物	药理作用	行动
Plicamycin	DNA	核苷酸	人类	是的	拮抗剂	细节