机制的分子内催化由MenB克莱森缩合反应,crotonase家族成员。
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李HJ,李X,刘N,张H, Truglio JJ, Mishra年代,Kisker C, Garcia-Diaz M,汤奇PJ
机制的分子内催化由MenB克莱森缩合反应,crotonase家族成员。
生物化学。2011年11月8日,50 (44):9532 - 44。doi: 10.1021 / bi200877x。Epub 2011年10月11日。
- PubMed ID
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21830810 (在PubMed]
- 文摘
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MenB, 1, 4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA合酶的细菌甲基萘醌类生物合成途径,催化分子内的克莱森缩合(Dieckmann反应)的亲电试剂是一个未激活的羧酸。机械的研究在这个crotonase家庭成员已经被部分活性部位障碍阻碍在现有MenB x射线结构。在当前工作的2.0结构O-succinylbenzoyl-aminoCoA (OSB-NCoA)绑定到MenB从大肠杆菌提供重要的见解的催化机理揭示所有的活性位点残基的位置。这是通过使用一个稳定的模拟O-succinylbenzoyl-CoA (OSB-CoA)衬底的辅酶a硫醇胺所取代。结果OSB-NCoA是稳定的,和这个分子的x射线结构绑定到MenB揭示了es的结构复杂的准备碳碳键的形成。结构数据支持机制两个守恒的活性部位酪氨酸残基,Y97 Y258,直接参与分子内转移衬底质子的苄基的衬底的羧酸盐,导致亲电试剂的质子化作用和形成所需的负碳离子。Y97 Y258也是理想的位置函数作为第二个oxyanion孔所需的稳定的四面体中间中形成碳碳键的形成。相比之下,D163,结构同源的酸碱催化剂E144 crotonase (enoyl-CoA酶),并不直接参与负碳离子形成和可能起到结构作用通过稳定循环Y97。当类似研究进行结核分枝杆菌的MenB,扭曲的六聚体是出乎意料地发现,展示界面的灵活性循环参与小说的一代三级和四级结构中发现crotonase总科。这项工作加强了使用一个稳定的底物类似物的效用作为机械的调查中只有一个原子被改变导致质子酸度降低。