核磁共振结构的细化与标量耦合数据酰基载体蛋白。
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金正日Y, Prestegard JH
核磁共振结构的细化与标量耦合数据酰基载体蛋白。
蛋白质。1990;8 (4):377 - 85。
- PubMed ID
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2091027 (在PubMed]
- 文摘
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小分子蛋白质结构测定使用核磁共振数据模型相结合,最常见的追求一个派生的距离约束与内在约束基于化学键。理想情况下,人会利用各种各样的实验观测,不仅距离约束。这里,耦合常数约束已经被添加到分子力学和分子动力学协议结构确定的形式psuedoenergy函数最小化的一个寻找一个最佳的分子构象。应用程序是由精致的结构77氨基酸蛋白质参与脂肪酸合成、大肠杆菌酰基载体蛋白(ACP)。54 3日本jhnα耦合常数,12 stereospecifically分配侧链质子耦合常数,和450年一个距离约束被用来计算ACP的三维结构。三步协议描述分子动力学计算,在类比分子力学计算中使用的协议之前。结构与分子力学方法计算和分子动力学方法使用刚性模型的蛋白质显示类似的分子能量和类似的协议与实验距离和耦合常数约束。分子动力学方法显示了一些优势克服局部最小值的问题,但只有当两国平均模型蛋白,分子能量大幅下降。