DNA小沟绑定:概述分子建模和构象的方法。

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Lauria, Montalbano, Barraja P, Dattolo G, Almerico

DNA小沟绑定:概述分子建模和构象的方法。

咕咕叫地中海化学2007;14 (20):2136 - 60。

PubMed ID

17691953 (在PubMed

]

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由小分子和蛋白质分子识别的DNA结构生物学和药物设计的一个基本问题。理解序列识别sequence-selective和中立的方式在绑定模式和网站的成功预测选择性将有助于改善新分子的设计和合成有效和选择性基因调控药物。小沟是大量的非共价结合的目标代理。与特定序列DNA结合,主要是在发生通过指示氢键的结合碱基对边缘,范德瓦耳斯相互作用的小沟墙和广义静电相互作用。这些因素还负责protein-DNA识别,以及统一规则的交互已经阐明虽然已经意识到前面的目标氨基酸和基地之间的一个简单的识别代码不可以实现的。目前相对较少了解行动的模式在分子水平上的大多数小groove-interacting药beplayapp物,尽管有越来越多的证据表明,他们可能通过直接阻止或抑制protein-DNA认可。目前的审查目的关注小沟绑定和DNA之间的相互作用通过各种技术,通常用于分析小分子的DNA结合特性。事实上在过去年几篇文章处理硅片技术DNA小沟绑定(分子建模、分子动力学、构象)已经出版。所有这些研究可以被认为是一个支持在定义有效的预测模型。因为这个原因的所有物质可能是一个有用的支持未来的发展。

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