识别at富集的DNA结构基础由不相关的蛋白质异基因的沉默。
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戈登BR,李Y,象牙海岸,Weirauch MT,丁P,休斯TR,纳瓦拉WW,夏B,刘J
识别at富集的DNA结构基础由不相关的蛋白质异基因的沉默。
《美国国家科学院刊S a . 2011年6月28日,108 (26):10690 - 5。doi: 10.1073 / pnas.1102544108。Epub 2011年6月14日。
- PubMed ID
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21673140 (在PubMed]
- 文摘
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H-NS和Lsr2 nucleoid-associated蛋白质从革兰氏阴性细菌和分枝杆菌,分别扮演着重要的角色在沉默的横向收购外国at富集比居民基因组DNA。尽管Lsr2和H-NS蛋白质序列和结构不同,它们显然类似的功能,可以在功能上相互补充。的机制,这些异种的消音器选择性目标at富集DNA一直是神秘的。同时我们进行了高分辨率的蛋白质绑定微阵列分析评估H-NS的约束力的偏好和Lsr2所有可能8的原始序列。同时,我们进行了详细的结构关系分析的c端DNA结合域的核磁共振。出人意料地,我们发现H-NS Lsr2使用一个共同的DNA结合机制,短循环包含“Q / RGR”主题有选择地与DNA小沟,在最高的亲和力是at富集序列,缺少它们。突变的Q / RGR主题废除DNA结合活性。Netropsin,小groove-binding DNA分子有效地淘汰出局H-NS和Lsr2绑定at富集序列。这些结果提供了一个统一的分子机制来解释结果与异种的沉默蛋白质,包括他们缺乏明显的序列特异性,而是偏爱at富集序列。我们的研究结果还表明,结构信息包含在DNA小沟是由异基因的破译沉默蛋白质区分遗传物质,是自我和异物。