结核分枝杆菌的分子建模和网上描述TlyA:可能misannotation结节bacilli-hemolysin。
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阿里纳斯NE,萨拉查LM,索托CY,防御率C, Patarroyo我,Patarroyo MA,戈麦斯
结核分枝杆菌的分子建模和网上描述TlyA:可能misannotation结节bacilli-hemolysin。
BMC结构生物学观点》2011年3月28日11:16。doi: 10.1186 / 1472-6807-11-16。
- PubMed ID
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21443791 (在PubMed]
- 文摘
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背景:TlyA蛋白有一个有争议的功能作为一种结核分枝杆菌的毒力因素(结核分枝杆菌)。目前,其双重活动在结核分枝杆菌溶血素和RNA甲基转移酶间接提出基于体外结果。没有证据然而TlyA相关性的宿主细胞内结节杆菌的生存还是两个功能相关的活动。全面分析这个分枝杆菌蛋白质结构预测的研究显示需要重新评估TlyA毒性的作用。结果:生物信息学分析TlyA确定了核糖体蛋白结合域(S4域),位于残留5和68以及一个FtsJ-like methyltranferase域包括残留62年和247年,所有这些之前描述的翻译machinery-associated蛋白质。亚细胞定位预测显示,TlyA缺乏一个信号肽和跨膜螺旋的疏水性概要显示,没有证据。这些发现表明,它可能不是附着在膜,这是符合细胞质本地化。TlyA显示一致的三维建模结构,有一个共同的核心由两个α螺旋之间的six-strandedβ褶板层,这是符合RNA甲基转移酶的结构。系统发育分析显示高保护tlyA分枝杆菌的物种之间的基因。此外,核苷酸替代率建议净化选择在tlyA基因进化和tlyA蛋白质和细菌之间缺乏共同的祖先造孔蛋白质。 CONCLUSION: Altogether, our manual in silico curation suggested that TlyA is involved in ribosomal biogenesis and that there is a functional annotation error regarding this protein family in several microbial and plant genomes, including the M. tuberculosis genome.