应用全基因组测序的快速预测表型药敏试验结果在克雷白氏肺炎临床分离株。
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伯格曼Tamma PD,风扇Y, Y, Pertea G,伤势严重AQ,刘易斯,卡罗尔KC,沙茨MC, Timp W, Simner PJ
应用全基因组测序的快速预测表型药敏试验结果在克雷白氏肺炎临床分离株。
Antimicrob代理Chemother。2018年12月21日,63 (1)。pii: AAC.01923-18。doi: 10.1128 / AAC.01923-18。打印2019年1月。
- PubMed ID
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30373801 (在PubMed]
- 文摘
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标准药敏测试(AST)方法导致延迟的选择优化抗菌治疗。在这里,我们试图确定抗菌素耐药性的准确性(AMR)决定因素通过纳米孔识别全基因组测序在预测AST的结果。使用群40临床分离株(21 carbapenemase-producing克雷白氏肺炎,10 non-carbapenemase-producing特k .肺炎肺炎和9 carbapenem-susceptible k .隔离),三个独立的管道进行测序和分析,如下:(i)实时纳米孔分析方法确定了AMR基因,(2)基于纳米孔的方法识别了AMR基因和染色体突变,和(3)纳米孔的方法使用短内容修正程序集。纳米孔的短内容校正组件作为参考标准来确定纳米孔测序结果的准确性。对于实时分析方法,全面获得AMR基因注释从亚文化隔离发生在8 h。程序集足以完全耐药基因和单核苷酸多态性注释从亚文化14 h内隔离。基因型的结果和预期的总体协议AST 40 k .肺炎隔离的结果为77%(范围,30%到100%)和92%(100%)范围内,80%的实时方法和装配方法,分别。评估病人贡献40隔离,实时方法和装配方法可以缩短平均时间有效的抗生素治疗20 h和26 h,分别比标准的AST。纳米孔测序提供了一个快速的方法来准确地识别耐药机制和预测AST k .肺炎隔离的结果。生物信息学的改进使实时调整,加上快速提取和图书馆准备,将进一步提高纳米孔的精度和工作流实时的方法。