人类的“magnesome”:检测镁对人类蛋白质结合位点。

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马特利Piovesan D, Profiti G, PL, Casadio R

人类的“magnesome”:检测镁对人类蛋白质结合位点。

BMC生物信息学。2012;13增刊14:S10。doi: 10.1186 / 1471 - 2105 - 13 - s14系列- s10。Epub 2012年9月7日。

PubMed ID

23095498 (在PubMed

]

文摘

背景:研究增加在分子医学由于镁离子的相关性在几个重要的生物过程和相关的分子发病机制。它仍然是很难预测的蛋白质共价结构是否一个人链参与镁绑定。这是主要是由于小的信息结构特点镁结合位点的蛋白质和蛋白质复合物。镁绑定功能,不同于其他二价阳离子如钙和锌,是难以捉摸的。这里我们解决一个问题相关的蛋白质注释:人类蛋白质可以绑定Mg2 +多少?我们的分析是利用最近执行的实施博洛尼亚注释资源(BAR-PLUS),一对非层次聚类方法依赖于聪明的序列比较约14数百万蛋白质从300.000物种及其分组成集群,注释可以安全地继承后统计验证。beplayapp集群作业后结果:人类蛋白质组的最新版本,人类蛋白质的数量我们可以分配的Mg结合位点是3751。在这些蛋白质,直接从人类2688年继承注释模板和1063从模板继承注释的其他生物。高度保守的蛋白质结构在给定的集群。转移后的结构属性是可能的对齐给定序列的蛋白质结构的描述一个给定的集群作为获得与基于隐马尔科夫模型(HMM)的过程。 Interestingly a set of 370 human sequences inherit Mg2+ binding sites from templates sharing less than 30% sequence identity with the template. CONCLUSION: We describe and deliver the "human magnesome", a set of proteins of the human proteome that inherit putative binding of magnesium ions. With our BAR-hMG, 251 clusters including 1,341 magnesium binding protein structures corresponding to 387 sequences are sufficient to annotate some 13,689 residues in 3,751 human sequences as "magnesium binding". Protein structures act therefore as three dimensional seeds for structural and functional annotation of human sequences. The data base collects specifically all the human proteins that can be annotated according to our procedure as "magnesium binding", the corresponding structures and BAR+ clusters from where they derive the annotation (http://bar.biocomp.unibo.it/mg).

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药物

镁