识别Glucose-Binding口袋在人类血清白蛋白使用支持向量机和分子动力学模拟。
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Ranganarayanan P, Thanigesan N, Ananth V, Jayaraman VK, Ramakrishnan V
识别Glucose-Binding口袋在人类血清白蛋白使用支持向量机和分子动力学模拟。
IEEE / ACM反式第一版Bioinform杂志。2016;1 - 2月13 (1):148 - 57。doi: 10.1109 / TCBB.2015.2415806。
- PubMed ID
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26886739 (在PubMed]
- 文摘
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人血清白蛋白(HSA)被认为是另一种生物标志物现有的糖化血红蛋白(HbA1c)标记为血糖监测。开发和使用HSA的另一种生物标志物需要标识糖化的网站,或等价,glucose-binding口袋。在这项工作中,我们结合分子动力学模拟HSA和先进的机器学习方法的支持向量机(SVM)预测glucose-binding HSA的口袋。SVM使用三维的原子排列及其化学性质预测glucose-binding口袋里的能力。特征选择显示的原子排列及其化学性质在前4的重心从口袋中扮演重要角色的绑定葡萄糖。用10倍交叉验证的准确性为84%,我们的支持向量机模型揭示了七个新的潜在glucose-binding网站在HSA的两只暴露在HSA的动力。预测使用对接的研究进一步证实。这些发现可以补充研究指向HSA的发展作为血糖监测的另一种生物标志物。