分子基础Cu2 + binding-induced扰动beta2-microglobulin透露的分子动力学模拟。

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邓新泽西,燕L,辛格D, Cieplak P

分子基础Cu2 + binding-induced扰动beta2-microglobulin透露的分子动力学模拟。

Biophys j . 2006年6月1日,90 (11):3865 - 79。Epub 2006 3月2。

PubMed ID

16513784 (在PubMed

]

文摘

根据实验数据,结合铜(2 +)离子造成的原生状态beta2-microglobulin (beta2m)。部分展开的蛋白质通常被认为早一步原纤维形成dialysis-related淀粉样变。最近的核磁共振的研究表明,蛋白质的不稳定可能会通过提高灵活性在铜(2 +)绑定。然而,不稳定的分子机制由于铜(2 +),在淀粉样蛋白的形成,其作用和不同的相对贡献潜力铜包网站仍不清楚。阐明在原子离子结扎细节的影响,一系列的分子动力学模拟进行了“分离”和铜(2 +)-beta2m系统明确的水溶液,不同数量的离子。模拟在高温(360 K)提供详细的图片的过程中铜(2 +)-binding-induced扰动的原生结构在纳秒时间尺度,这与实验一致。蛋白质构象状态向部分展开的转换被观察到在解决方案包含绑定的铜离子在31分了51,标记的蛋白质振动熵的增加,与TDeltaS (vibr)从30到69千卡每摩尔。铜的绑定(2 +)扰乱二级结构和氢键模式破坏邻近的原生疏水接触部分,包括beta-strand D2和beta-strand E的一部分,B, C和d E循环导致更大的曝光和C循环的水环境。MD轨迹的分析表明,铜包站点附近的疏水环境的变化降低构象转变的障碍和稳定更无序的构象。绑定的结果还表明,铜(2 +)在他的13个构象稳定性影响不大,而铜包网站31分,并在较小程度上了51,主要是负责观察蛋白质构象的变化和动力学。

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药物靶点

药物	目标	类	生物	药理作用	行动
铜	Beta-2-microglobulin	蛋白质	人类	未知的	不可用	细节