加权基因co-expression网络分析和连接地图标识洛伐他汀治疗胃癌的抑制HDAC2选项。
文章的细节
-
引用
复制到剪贴板 -
陆张L,康W X,马,邹董L B
加权基因co-expression网络分析和连接地图标识洛伐他汀治疗胃癌的抑制HDAC2选项。
基因。2019年1月10日,681:15-25。doi: 10.1016 / j.gene.2018.09.040。Epub 2018年9月25日。
- PubMed ID
-
30266498 (在PubMed]
- 文摘
-
摘要目的:本研究旨在识别和验证治疗化合物对胃癌患者可能有积极作用(GC)基于加权基因co-expression网络分析(WGCNA)和连接城市规划机构(CMap)的映射。方法:我们执行WGCNA获得洞察分子方面的GC。生微阵列数据集(包括132个样本)从基因表达综合(GEO)下载网站。我们利用WGCNA识别coexpressed基因(模块)和模块化的中心基因特异性后过滤。此外,这些差异表达基因报提出分析来识别候选的治疗化合物GC。在实验部分,评价了细胞生长抑制细胞计数Kit-8 (CCK-8)和集落形成试验。肿瘤生长评估使用裸小鼠体内建立了异种移植。存在和免疫印迹被用于确定HDAC2表达水平和免疫组织化学进行了量化HDAC2在胃肿瘤样本。结果:通过WGCNA和提出分析,我们发现两个潜在治疗化合物,丙戊酸(VPA),即组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂和洛伐他汀。HDAC2过表达在胃癌细胞系包括AGS, bgc - 823, NCI-N87 MKN28。 Dose-dependent inhibition of gastric cancer cells by VPA and lovastatin was verified in vitro. Apoptosis of GC cells was induced after treatment with VPA and lovastatin through suppressing HDAC2 expression. Furthermore, the inhibition of VPA with cisplatin and lovastatin with cisplatin were also dose-dependent and cisplatin exhibited synergistic effects. In the xenografts, similar results were found. CONCLUSION: WGCNA was able to identify significant groups of genes associated with cancer prognosis. Moreover, analysis of gene expression signature using CMap is a powerful way to explore potential therapeutics for human diseases. For treating GC, lovastatin may be a potential drug.