交互与钙调素拮抗剂:从分子动力学模拟。
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Kovesi我Menyhard DK, Laberge M, Fidy J
交互与钙调素拮抗剂:从分子动力学模拟。
J地中海化学。2008年6月12日,51 (11):3081 - 93。doi: 10.1021 / jm701406e。Epub 2008年4月15日。
- PubMed ID
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18459732 (在PubMed]
- 文摘
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我们报告的结果12 ns,所有原子分子动力学模拟(MDS)和Poisson-Boltzmann自由能计算(PBFE)钙调蛋白(CaM)绑定到两个分子的三氟啦嗪(TFP)和N - (3 3 diphenylpropyl) - N ' - (1 - R - (3 4-bis-butoxyphenyl)乙基]-propylenediamine (DPD)。x射线数据显示两个复合物的结构非常相似,然而,对手明显的区别在于其凸轮绑定亲和力,中性DPD是更有效的。这项研究的目的是为了揭开TFP的原因是尽管其正电荷应该促进有效绑定。CHARMM和绑定的静电能量计算自由能的PBFE方法显示TFP更好的对手,虽然检查疏水接触支持DPD绑定。详细检查的氨基酸贡献PBFE计算解开,立体理由反对TFP的有利的绑定。结构性条件对于一个成功的药物设计策略,也可能受益于charge-charge交互。