2 d MI-DRAGON:一个新的预测protein-ligands交互和theoretic-experimental美国FDA药物的研究网络,oxoisoaporphine抑制剂是和人类寄生虫蛋白质。

文章的细节

引用

复制到剪贴板

Prado-Prado F, Garcia-Mera X, Escobar M, Sobarzo-Sanchez E, Yanez M, Riera-Fernandez P, Gonzalez-Diaz H

2 d MI-DRAGON:一个新的预测protein-ligands交互和theoretic-experimental美国FDA药物的研究网络,oxoisoaporphine抑制剂是和人类寄生虫蛋白质。

J医疗化学2011欧元12月,46 (12):5838 - 51。doi: 10.1016 / j.ejmech.2011.09.045。Epub 2011年10月1日。

PubMed ID

22005185 (在PubMed

]

文摘

可能有许多双Drug-Proteins交互可能发生与否(dpi / nDPIs)与高亲和力/ non-affinity药物之间不同的蛋白质。这一事实使昂贵的在时间和资源方面,例如,确定所有可能的ligands-protein单一药物的相互作用。在这个意义上,我们可以使用定量结构活性关系(构象)模型进行合理的dpi预测。不幸的是,几乎所有构象模型预测活动只针对一个目标。为了解决这个问题我们可以建立定量构效关系(mt-QSAR)多目标模型。在这项工作中,我们介绍了技术2 d MI-DRAGON dpi的新预测基于两个不同的知名软件。我们使用软件MARCH-INSIDE (MI)计算目标3 d结构参数和软件龙被用来计算二维分子描述符所有已知药物显示dpi药物中银行(美国食品及药物管理局基准数据集)。两类参数作为输入不同的人工神经网络(ANN)算法来寻求一个精确的非线性mt-QSAR预测。最好的ANN模型发现是一个多层感知器(MLP)概要MLP 21:21-31-1:1。这MLP分类正确303的339 dpi(敏感性= 89.38%)和480年的510个nDPIs(特异性= 94.12%),相应的训练精度= 92.23%。 The validation of the model was carried out by means of external predicting series with Sensitivity = 92.18% (625/678 DPIs; Specificity = 90.12% (730/780 nDPIs) and Accuracy = 91.06%. 2D MI-DRAGON offers a good opportunity for fast-track calculation of all possible DPIs of one drug enabling us to re-construct large drug-target or DPIs Complex Networks (CNs). For instance, we reconstructed the CN of the US FDA benchmark dataset with 855 nodes 519 drugs+336 targets). We predicted CN with similar topology (observed and predicted values of average distance are equal to 6.7 vs. 6.6). These CNs can be used to explore large DPIs databases in order to discover both new drugs and/or targets. Finally, we illustrated in one theoretic-experimental study the practical use of 2D MI-DRAGON. We reported the prediction, synthesis, and pharmacological assay of 10 different oxoisoaporphines with MAO-A inhibitory activity. The more active compound OXO5 presented IC(50) = 0.00083 muM, notably better than the control drug Clorgyline.

beplay体育安全吗DrugBank数据引用了这篇文章

绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
氯吉林	胺氧化酶(flavin-containing)	集成电路50 (nM)	4	N /一个	N /一个	细节
Iproniazid	胺氧化酶(flavin-containing) B	集成电路50 (nM)	7540年	N /一个	N /一个	细节
Moclobemide	胺氧化酶(flavin-containing)	集成电路50 (nM)	361380年	N /一个	N /一个	细节