CCLab——基于多目标遗传算法的组合库的设计软件和应用程序组蛋白脱乙酰酶抑制剂的设计。

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方G,雪米、苏米,D,李Y, B Xiong,马L,孟T,陈Y,李,李J,沈J

CCLab——基于多目标遗传算法的组合库的设计软件和应用程序组蛋白脱乙酰酶抑制剂的设计。

地中海Bioorg化学。2012年7月15日,22 (14):4540 - 5。doi: 10.1016 / j.bmcl.2012.05.123。Epub 2012年6月7日。

PubMed ID

22738629 (在PubMed

]

文摘

多目标优化的引入极大的改变了虚拟组合库的设计,可以同时考虑多个目标,综合成本和drug-likeness等,从而可能增加积极的生物活性化合物。在这里,我们描述一个软件叫做CCLab(组合化学实验室)组合库的设计基于多目标遗传算法。测试的收敛能力和比率路口参考图书馆的构建块进行了评估软件在网上,然后它被应用到一个真实的案例设计5 x6 HDAC抑制剂图书馆。16个化合物的合成了图书馆,和组蛋白deactetylase (HDAC)酶化验证明显示14个化合物抑制率超过50%测试3 HDAC酶浓度20杯/毫升,用集成电路(50)值3化合物与萨哈。这些结果表明,CCLab软件可以提高命中率的设计库,有利于药物化学家设计集中在药物开发库(软件可以下载:http://202.127.30.184:8080 / drugdesign.html)。

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绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
Vorinostat	组蛋白脱乙酰酶1	集成电路50 (nM)	180年	N /一个	N /一个	细节
Vorinostat	组蛋白脱乙酰酶3	集成电路50 (nM)	140年	N /一个	N /一个	细节
Vorinostat	组蛋白脱乙酰酶6	集成电路50 (nM)	120年	N /一个	N /一个	细节