涉及FGF-1和FGF-2分子对接的验证计算。

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Bytheway我,科克伦

涉及FGF-1和FGF-2分子对接的验证计算。

J地中海化学。2004年3月25日,47 (7):1683 - 93。

PubMed ID

15027859 (在PubMed

]

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一个预测计算和观察到的绑定关系紧密联系的络合配体的纤维母细胞生长因子FGF-1描述和基于分子对接的FGF-2计算。大多数的配体检查在这项研究中有很高的构象的灵活性,并考虑到这一点,多个矫形器是为每个随后生成用于计算柔性对接。两个得分函数,Gscore Emodel,被用来量化蛋白质:配体相互作用的Emodel分数显示最好的相关性实验结合能。得分函数,然而,预测类似的位置配体硫酸组结合位点。非极性原子的范德华半径的蛋白质和配体,该修改的有效大小的蛋白质结合位点和配体,也系统地改变的因素1.0,0.9和0.8为了优化预测对接的条件。最小二乘分析Emodel分数对实验结合能产生最佳r(2)值的0.91和0.83 FGF-1 FGF-2,分别与略低q(2)值。比例因子优化组合与最小二乘行最适合基于Emodel函数被用来定义一个预测模型,对配体进行了测试不包含在原始设置。可接受的亲和力得到用于预测的初始筛选潜在FGF-1和FGF-2 leadlike分子。

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绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
萘Trisulfonate	纤维母细胞生长因子1	Kd (nM)	474000年	N /一个	N /一个	细节