的结合自由能计算无锌螯合嘧啶与MMP-13 dicarboxamide抑制剂。

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Carrascal N, Rizzo RC

的结合自由能计算无锌螯合嘧啶与MMP-13 dicarboxamide抑制剂。

地中海Bioorg化学。2009年1月1;19 (1):47-50。doi: 10.1016 / j.bmcl.2008.11.038。Epub 2008年11月18日。

PubMed ID

19042129 (在PubMed

]

文摘

所有原子分子动力学(MD)模拟在显式和隐式溶剂,其次是MM-GBSA能量分析,被用来估计结合自由能的四个嘧啶dicarboxamide抑制剂与人类collagenase-3 (MMP-13)比较与实验活动。精力充沛的分析表明,亲和力的主要原因是有利的范德华相互作用和总表面积的葬礼。去溶剂化的计算效果,作为配体结构的函数,定量表明亲水衍生物支付比他们更大的惩罚在绑定相关更多的疏水类似物。

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绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
PYRIMIDINE-4, 6-DICARBOXYLIC酸双(3-METHYL-BENZYLAMIDE)	胶原酶3	集成电路50 (nM)	72年	N /一个	N /一个	细节
PYRIMIDINE-4, 6-DICARBOXYLIC酸双(4-FLUORO-3-METHYL-BENZYLAMIDE)	胶原酶3	集成电路50 (nM)	8	N /一个	N /一个	细节
PYRIMIDINE-4, 6-DICARBOXYLIC酸双((PYRIDIN-3-YLMETHYL)酰胺)	胶原酶3	集成电路50 (nM)	6600年	N /一个	N /一个	细节