尿素一种新型润滑脂添加剂噻二唑衍生物的选择性抑制剂的分子基础和stromelysin-1 gelatinase-A从广义出生的分子动力学模拟。

文章的细节

引用

复制到剪贴板

Rizzo RC多巴年代,王桂萍ID

尿素一种新型润滑脂添加剂噻二唑衍生物的选择性抑制剂的分子基础和stromelysin-1 gelatinase-A从广义出生的分子动力学模拟。

J医疗化学2004 6月3;47 (12):3065 - 74。

PubMed ID

15163188 (在PubMed

]

文摘

基质金属蛋白酶(MMPs)代表一个潜在的治疗靶点的重要类癌症等疾病的治疗。选择性抑制基质金属蛋白酶需要高序列的身份在家庭和发现个人基质金属蛋白酶也调节血管生成抑制素的天然血管生成抑制剂。在这项研究中,我们使用计算方法模型六脲一种新型润滑脂添加剂噻二唑衍生物的选择性抑制剂stromelysin-1和gelatinase-A,两个同源的基质金属蛋白酶与乳腺癌。从出生的连续广义分子动力学(GB-MD)和MM-GBSA分析,我们估计配体自由能绑定使用200快照从短获得40 ps仿真相关protein-ligand复杂。MM-GBSA自由能量,从连续GB-MD轨迹计算,显示强烈的相关性与实验紧密联系(r (2) = 0.74);之前的研究使用显式水MD模拟。包括估计的溶质熵的变化结合计算实验的相关性稍微减少整体(r2 = 0.71)。值得注意的是,在任何情况下,仿真结果正确预测给定配体将选择性地绑定到stromelysin-1 gelatinase-A满足给定的高度的结构两种蛋白质之间的同源性。的选择性增加stromelysin-1似乎是由(1)增加有利的范德华相互作用,(2)增加有利的库仑相互作用,和(3)减少不利的静电能量(库仑加反溶剂)。

beplay体育安全吗DrugBank数据引用了这篇文章

绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
2 - (3 - (5-Mercapto - [1, 3, 4] thiadiazol-2yl) -ureido] -N-methyl-3-pentafluorophenyl-propionamide	Stromelysin-1	Ki (nM)	18	N /一个	N /一个	细节