比较蛋白质的预测和观察到的属性编码在大肠杆菌的基因组k - 12。
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比较蛋白质的预测和观察到的属性编码在大肠杆菌的基因组k - 12。
电泳。1997年8月18日(8):1259 - 313。
- PubMed ID
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9298646 (在PubMed]
- 文摘
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挖掘新兴丰富的微生物基因组序列的假设是一个令人兴奋的前景“功能基因组学”。这一努力的最前沿,我们比较完整的大肠杆菌基因组序列的预测与评估381年观察到的基因产物蛋白质的成熟N-termini,体内丰度,等电点,分子质量,和细胞的位置。二维凝胶电泳(2 de)和埃德曼测序结合序列Coomassie-stained 2 de代表丰富的野生型大肠杆菌的蛋白质斑点k - 12株。大于90%的丰富的蛋白质在大肠杆菌蛋白质组躺在一个小的等电点和分子量窗口4 - 7和10 - 100 kDa,分别。我们确定了几家有丰富的蛋白质,YjbJ YjbP, YggX, HdeA, AhpC,不会独自从基因组序列预测。223年的惟一识别位点,60%的编码蛋白质proteolytically处理。之前报道,发起者蛋氨酸裂解效率在倒数第二氨基酸丝氨酸或丙氨酸。相比之下,当倒数第二氨基酸苏氨酸,甘氨酸,脯氨酸,乳沟是变量,乳沟和缬氨酸没有信号。虽然预测信号肽乳沟网站倾向于遵循规则,公认的信号序列的长度大于全心全意的共识。在细胞质中蛋白质预测或内膜,n端氨基酸相比,蛋白质局部高度受限的周质或外膜。 Although cytoplasmic proteins follow the N-end rule for protein stability, proteins in the periplasm or outer membrane do not follow this rule; several have N-terminal amino acids predicted to destabilize the proteins. Surprisingly, 18% of the identified 2-DE spots represent isoforms in which protein products of the same gene have different observed pI and M(r), suggesting they are post-translationally processed. Although most of the predicted and observed values for isoelectric point and molecular mass show reasonable concordance, for several proteins the observed values significantly deviate from the expected values. Such discrepancies may represent either highly processed proteins or misinterpretations of the genomic sequence. Our data suggest that AhpC, CspC, and HdeA exist as covalent homomultimers, and that IcdA exists as at least three isoforms even under conditions in which covalent modification is not predicted. We enriched for proteins based on subcellular location and found several proteins in unexpected subcellular locations.
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的名字 UniProt ID 苹果酸脱氢酶 P61889 细节 30年代S10核糖体蛋白质 P0A7R5 细节 DNA-directed RNA聚合酶α亚基 P0A7Z4 细节 天冬氨酸转氨酶 P00509 细节 腺苷酸激酶 P69441 细节 异柠檬酸脱氢酶(辅酶ii) P08200 细节 ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase P67910 细节 Putrescine-binding周质蛋白 P31133 细节 NH(3)端依赖NAD(+)合成酶 P18843 细节 Adenylosuccinate合成酶 P0A7D4 细节 Dihydroorotase P05020 细节 维生素B12运输车BtuB P06129 细节 外膜蛋白F P02931 细节 蛋白质YceI P0A8X2 细节 Oxygen-insensitive NAD (P) H硝基还原酶 P38489 细节 L-arabinose-binding周质蛋白 P02924 细节 Glucose-1-phosphatase P19926 细节 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase P31057 细节 Histidinol脱氢酶 P06988 细节 Argininosuccinate合酶 P0A6E4 细节 鸟氨酸carbamoyltransferase链我 P04391 细节 亚硫酸盐还原酶(NADPH) hemoprotein beta-component P17846 细节 外膜蛋白质TolC P02930 细节 蛋白质RbsB核糖导入绑定 P02925 细节 Aconitate水合酶B P36683 细节 Maltose-binding周质蛋白 P0AEX9 细节 丙酮酸脱氢酶E1组件 P0AFG8 细节 Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate醛缩酶,Phe-sensitive P0AB91 细节 Enoyl -还原酶(NADH) FabI酰基载体蛋白质 P0AEK4 细节 B类酸性磷酸酶 P0AE22 细节 Fructose-bisphosphate醛缩酶二班 P0AB71 细节 Phosphate-binding蛋白质pst P0AG82 细节 亚精胺/ putrescine-binding周质的蛋白质 P0AFK9 细节 外膜蛋白 P0A910 细节 Glyceraldehyde-3-phosphate脱氢酶一 P0A9B2 细节 D-galactose-binding周质蛋白 P0AEE5 细节 硫醇:二硫化DsbC交换蛋白质 P0AEG6 细节 2-iminobutanoate / 2-iminopropanoate脱氨酶 P0AF93 细节 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase P31142 细节 Flavohemoprotein P24232 细节 Ecotin P23827 细节 蛋白质UshA P07024 细节 谷氨酸脱羧酶α P69908 细节 天冬氨酸carbamoyltransferase催化亚基 P0A786 细节 琥珀酸脱氢酶黄素蛋白亚基 P0AC41 细节 50年代核糖体蛋白L4 P60723 细节 琥珀酸脱氢酶iron-sulfur亚基 P07014 细节 Ribosome-recycling因素 P0A805 细节 Lactaldehyde脱氢酶 P25553 细节 生物素羧化酶 P24182 细节 硫醇:二硫化DsbA交换蛋白质 P0AEG4 细节 外膜孔蛋白C P06996 细节