高通量蛋白质磷酸化的概率方法分析和网站本地化。

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Beausoleil SA Villen J,戈贝尔SA J, Gygi SP

高通量蛋白质磷酸化的概率方法分析和网站本地化。

生物科技Nat》。2006年10月24日(10):1285 - 92。Epub 2006 9月10。

PubMed ID
16964243 (在PubMed
]
文摘

数据分析和解释仍然是主要的后勤挑战当试图识别蛋白质磷酸化位点的大量纳米级反相液相色谱/串联质谱(质/ MS)在线(补充图1)。在这个报告中我们通常仅仅是可寻址的地址挑战费力手动验证,包括数据集错误,数据集敏感性和磷酸化网站本地化。我们提供大规模磷酸化与测量数据集错误率由target-decoy方法一样,我们将演示一种方法灵敏度最大化数据集通过有效地分散错误的肽谱匹配(psm),我们提出一个概率得分,Ascore,措施的概率正确的磷酸化网站定位基于site-determining离子的存在和强度在MS / MS谱。我们应用完全自动化的方式方法nocodazole-arrested海拉细胞溶解产物,我们确定了1761 nonredundant磷酸化网站从491年蛋白质肽假阳性率为1.3%。

beplay体育安全吗DrugBank数据引用了这篇文章

多肽
的名字 UniProt ID
丙酮酸激酶11 P14618 细节
DNA连接酶3 P49916 细节
双官能谷氨酸/脯氨酸——tRNA连接酶 P07814 细节
DNA连接酶1 P18858 细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶A-Raf P10398 细节
Abelson酪氨酸受体激酶2 P42684 细节
cGMP-inhibited 3 ', 5 '环磷酸二酯酶 Q14432 细节
Chromodomain-helicase-DNA-binding蛋白1 O14646 细节
Choline-phosphate cytidylyltransferase一 P49585 细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶b - raf P15056 细节
胞质磷脂酶A2 P47712 细节
Pyrroline-5-carboxylate还原酶2 Q96C36 细节
DNA拓扑异构酶2α P11388 细节
糖皮质激素受体 P04150 细节
CTP合酶1 P17812 细节
信号传感器和激活转录5 b P51692 细节
脂肪酸合酶 P49327 细节
脱氧尿苷5 '三磷酸nucleotidohydrolase,线粒体 P33316 细节
胸苷激酶,胞质 P04183 细节
Kinesin-like蛋白质KIF11 P52732 细节
角蛋白,II型细胞骨架8 P05787 细节
Pyridoxal-dependent脱羧酶domain-containing蛋白质1 Q6P996 细节
钼辅因子sulfurase Q96EN8 细节
多功能蛋白ADE2 P22234 细节
CAD蛋白质 P27708 细节
蛋白质治疗/ geranylgeranyltransferase 1型α亚基 P49354 细节
DNA拓扑异构酶2β Q02880 细节
Ribonucleoside-diphosphate还原酶亚基平方米 P31350 细节
NAD-dependent蛋白脱乙酰酶sirtuin-1 Q96EB6 细节
Gephyrin Q9NQX3 细节
粘着斑激酶1 Q05397 细节
整合素β4 P16144 细节
目前上游元件结合蛋白1 Q96AE4 细节
热休克蛋白beta 1 P04792 细节
Ribosome-binding蛋白1 Q9P2E9 细节
Microtubule-associated蛋白4 P27816 细节
核受体共激活剂2 Q15596 细节
蛋白酶体亚基α3型脊髓灰质炎病毒引起 P25788 细节
蛋白酶体亚基α5型 P28066 细节
核糖体蛋白S6激酶alpha - Q15418 细节
SRSF蛋白激酶2 P78362 细节
Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1 P30419 细节
中介的RNA聚合酶II转录单元1 Q15648 细节
Epsin-1 Q9Y6I3 细节
波形蛋白 P08670 细节
Uridine-cytidine kinase-like 1 Q9NWZ5 细节
肝细胞生长factor-regulated酪氨酸激酶衬底 O14964 细节
核糖体蛋白S6激酶alpha 3 P51812 细节
Dihydropyrimidinase-related蛋白2 Q16555 细节
核仁的和coiled-body磷蛋白质1 Q14978 细节
60 kDa热休克蛋白、线粒体 P10809 细节
Hepatoma-derived生长因子 P51858 细节
细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1 P38936 细节
异构核核糖核蛋白K P61978 细节
目前上游元件结合蛋白2 Q92945 细节
半胱氨酸和glycine-rich蛋白质1 P21291 细节
Filamin-A P21333 细节
60年代核糖体蛋白就是 Q07020 细节
剪接因子1 Q15637 细节
Zyxin Q15942 细节
Myosin-9 P35579 细节
剪接因子3 b亚基1 O75533 细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶TAO1 Q7L7X3 细节
AP2-associated蛋白激酶1 Q2M2I8 细节
酪蛋白激酶我同种型α P48729 细节
增殖蛋白激酶激酶激酶11 Q16584 细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶MARK2 Q7KZI7 细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶Nek9 Q8TD19 细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶PAK 1 Q13153 细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶N1 Q16512 细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶N2 Q16513 细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶10 O94804 细节
Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 Q15910 细节
Exportin-1 O14980 细节
经营领域,二班,转录因子1 P14859 细节
酪氨酸受体磷酸酶non-receptor类型12 Q05209 细节
Molybdopterin合酶催化亚基 O96007 细节
ki - 67增殖标记蛋白质 P46013 细节