细化NMR gamma-carboxyglutamic酸的溶液结构域的凝血因子IX使用分子动力学模拟与初始Ca2 +职位由遗传算法。
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李L,达顿助教,弗里德曼SJ,公元前富里,富里B, Baleja JD,史密斯H,彼得森Hiskey RG, LG
细化NMR gamma-carboxyglutamic酸的溶液结构域的凝血因子IX使用分子动力学模拟与初始Ca2 +职位由遗传算法。
生物化学,1997年2月25日,36 (8):2132 - 8。
- PubMed ID
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9047312 (在PubMed]
- 文摘
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遗传算法(GA)成功地确定了钙在牛凝血酶原片段1的晶体结构与钙离子(bf1 / Ca)绑定。相同的协议被用来确定钙位置密切相关的片段,凝血因子IX的杯子域,以前的结构由核磁共振光谱学在钙离子的存在。最频繁发生的低能结构发现遗传算法作为起始分子动力学优化结构。分子动力学模拟进行了使用显式水和Particle-Mesh埃瓦尔德方法适应远程静电力。NMR结构的整体构象保存时,明显的细化是明显当比较仿真平均结构与核磁共振前体的氨基端(Tyr1-N)网络,氢键的总数,钙离子协调,紧密的结构。中钙离子的位置很可能细化的蛋白质是至关重要的。显然钙离子诱导过程中结构变化的模拟结果在一个更紧凑的结构。