使用MM-PBSA分子见解的14名成员组成的大环内酯类的方法。

文章的细节

引用

复制到剪贴板

山药工作、华公顷

使用MM-PBSA分子见解的14名成员组成的大环内酯类的方法。

J化学正模型。2009年6月,49 (6):1558 - 67。doi: 10.1021 / ci8003495。

PubMed ID

19469526 (在PubMed

]

文摘

A和罗红霉素抗生素是临床上重要的大环内酯物选择性地作用于细菌的50年代大抑制细菌的核糖体亚基的蛋白质伸长过程通过阻断新生肽的隧道出口离开核糖体。大环内酯物绑定的详细分子机制尚未阐明,目前已知的最一般的概念。在这项研究中,分子动力学(MD)模拟来研究他们的交互作用在分子水平上,和两个系统的结合自由能计算采用分子力学Poisson-Boltzmann表面积(MM-PBSA)方法。两个系统的结合自由能计算高估了与实验值相比,但个人能源条款使更好地理解为两个系统的绑定。成渣基础能够分解结果显示每个残留在绑定的口袋的贡献对大环内酯类的亲和力,因此确定了几个关键的相互作用残留在协议与先前的实验和计算数据。结果还表明来自范德瓦耳斯比静电更重要和重大贡献大环内酯类的绑定的绑定的口袋里。来自本研究的发现将有助于理解详细作用机理的定量问题,从而协助的开发更安全的大环内脂类抗菌素。

beplay体育安全吗DrugBank数据引用了这篇文章

药物靶点

药物	目标	类	生物	药理作用	行动
罗	50年代L10核糖体蛋白质	蛋白质	弗氏志贺菌	是的	抑制剂	细节