磷酸抑制大肠杆菌DNA聚合酶I 3'-5'外切酶活性的结构原理。
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Brautigam CA, Steitz TA
磷酸抑制大肠杆菌DNA聚合酶I 3'-5'外切酶活性的结构原理。
中华分子生物学杂志，1998 3月27日;277(2):363-77。
- PubMed ID
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9514742 (PubMed视图]
- 摘要
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一种双金属离子催化机制已经被提出用于几种磷酸化转移酶。为了扩展这一机制的结构基础，已经阐明了与大肠杆菌DNA聚合酶I大片段3'-5'外核溶解活性位点结合的三个单链DNA底物的晶体结构。第一个是大片段(或Klenow片段，KF)和单链DNA底物之间的Michaelis复合体的2.1 a分辨率结构，通过低pH值和快速冷冻来稳定。催化金属离子(Zn2+在a点，Mg2+在B点)的位置和性质得到了明确的确定。探讨了硫置换在易裂磷酸盐中的结构和动力学结果。在2.2 A分辨率下，与磷酸化DNA的Rp异构体的配合物显示Zn2+结合到两个金属位点和底物的错误定位，并攻击亲核试剂。与磷酸Sp的配合物在2。解析结果显示，金属离子并没有在活性部位结合，而是被体积庞大的硫原子所取代。稳态动力学实验表明，Rp异构体的催化水解仅降低了约15倍，而Sp磷酸没有检测到酶活性，与结构观察一致。beplayapp此外，Mn2+不能挽救磷酸Sp上外切酶的活性。 Taken together, these studies confirm and extend the proposed two-metal-ion exonuclease mechanism and provide a structural context to explain the effects of sulfur substitutions on this and other phosphoryl-transfer enzymes. These experiments also suggest that the possibility of metal-ion exclusion be taken into account when interpreting the results of Mn2+ rescue experiments.