顺序相依结构基础platinum-DNA加合物的影响。
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拉马钱德兰年代,寺庙BR, Chaney SG, Dokholyan NV
顺序相依结构基础platinum-DNA加合物的影响。
核酸研究》2009年5月,37 (8):2434 - 48。doi: 10.1093 / nar / gkp029。Epub 2009 3月2。
- PubMed ID
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19255091 (在PubMed]
- 文摘
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不同的功效和分子机制基于铂的抗癌药物(CP)、顺铂(牛)假设在部分由于微分亲和力的细胞和损伤识别蛋白质CP和牛相邻鸟嘌呤在基因组DNA加合物形成。HMGB1a特别是展品更高的亲和力CP-GG加合物,CP -之间的歧视程度和OX-GG加合物是依赖于基地的侧面加合物。然而,这个微分约束的结构基础尚不清楚。在这里,我们表明,CP -的构象动态和OX-GG加合物是不同的,取决于序列的加合物。分子动力学模拟Pt-GG加合物TGGA序列中的上下文透露,尽管CP -的主要构象和OX-GG加合物是类似的,次要的构象是截然不同的。使用模式之间的氢键形成Pt-ammines邻近DNA碱基,我们确定了主要和次要的构象Pt-DNA取样。我们发现小构象采样CP-GG专门的加合物展览结构HMGB1a支持绑定的属性,这可以解释其更高的亲和力CP-GG加合物,虽然这些构象不采样OX-GG加合物,因为限制环己烷,这或许可以解释HMGB1a的微不足道的亲和力OX-GG加合物TGGA序列的上下文。基于这些结果,我们推测,环己烷环牛的限制影响DNA构象探索CP-GG相比OX-GG加合物的加合物,这可能影响HMG-domain蛋白质的结合亲和力Pt-GG加合物,而这些构象进一步受到的DNA序列上下文Pt-GG加合物。