计算方法识别和表征GPI-anchored肽的蛋白质组学实验。
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Omaetxebarria MJ, Elortza F, Rodriguez-Suarez E, Aloria K,阿里斯门迪JM,詹森,Matthiesen R
计算方法识别和表征GPI-anchored肽的蛋白质组学实验。
蛋白质组学,2007年6月,7 (12):1951 - 60。
- PubMed ID
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17566972 (在PubMed]
- 文摘
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基因编码glycosylphosphatidylinositol锚定蛋白(GPI-APs)构成真核生物基因组的估计有1 - 2%。目前的计算方法GPI-APs敏感和特定的预测;然而,分析的处理站点(ω-或omega-site) GPI-APs仍然是具有挑战性的。只有10%的蛋白质,被注解为GPI-APs omega-site实验验证。我们描述一个集成的计算与实验蛋白质组学方法的识别和表征GPI-APs提供了识别GPI-APs和派生GPI-anchored肽质/ MS数据集。方法利用序列的特征GPI-anchor GPI-APs和已知的核心结构。第一阶段的分析包括基于质/ MS蛋白质鉴定。第二阶段包括预测的处理站点确认GPI-APs胰蛋白酶的肽和预测相应的终端。第三阶段计算可能GPI结构的肽两个阶段。第四阶段计算分数进行比较的理论光谱预测GPI-peptides观察MS / MS谱。 Automated identification of C-terminal GPI-peptides from porcine membrane dipeptidase, folate receptor and CD59 in complex LC-MS/MS data sets demonstrates the sensitivity and specificity of this integrated computational and experimental approach.