2-methylisocitrate的晶体结构在复杂产品和异柠檬酸裂解酶抑制剂提供洞察裂合酶底物特异性、催化和演化。
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陆刘年代,Z,汉族Y, Melamud E, Dunaway-Mariano D,赫兹伯格O
2-methylisocitrate的晶体结构在复杂产品和异柠檬酸裂解酶抑制剂提供洞察裂合酶底物特异性、催化和演化。
生物化学。2005年3月1日,44 (8):2949 - 62。
- PubMed ID
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15723538 (在PubMed]
- 文摘
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两C123S突变体的晶体结构2-methylisocitrate裂合酶已经确定,与反应产物,镁(2 +)丙酮酸和琥珀酸,和第二个绑定毫克(2 +)- (2 r, 3 s)异柠檬酸抑制剂。与野生型酶游离状态的结构表明,这种酶发生构象转变由此被溶剂的配体,如前所观察到的两个其他酶超家族成员,异柠檬酸裂解酶和磷酸烯醇丙酮酸变位酶。绑定模式揭示了底物特异性和立体选择性的因素,和严格的特异性验证解决方案使用各种潜在的基质。模型绑定2-methylisocitrate根据实验确定了结构。我们提出一个催化机理涉及alpha-carboxy-carbanion中间/过渡态,这是与先前的立体化学实验相符反转2-methylisocitrate C(3)的配置。基于结构的序列分析和系统发生的树结构揭示底物专一性的决定因素,突出节点的散度的家庭,并预测酶有新功能的家庭。