ATP-dependent羧化酶的机制,dethiobiotin合成酶,基于晶体复合物的研究底物和反应中间体。
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黄W,贾庆林J,吉布森KJ,泰勒WS, Rendina AR,施耐德G, Lindqvist Y
ATP-dependent羧化酶的机制,dethiobiotin合成酶,基于晶体复合物的研究底物和反应中间体。
生物化学。1995年9月5日,34 (35):10985 - 95。
- PubMed ID
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7669756 (在PubMed]
- 文摘
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六个配合物的晶体结构homodimeric大肠杆菌dethiobiotin合成酶与多种底物,底物类似物,产品已经决心高分辨率。包括(1)二进制复杂dethiobiotin合成酶和N7-carbamate 7日8-diaminononanoic酸,(2)二进制复杂的酶和替代基质,3 - (1-aminoethyl) -nonanedioic酸,(3)二进制ADP酶的复杂产品,(4)第四纪复杂的酶,ADP, 7的N7-carbamate 8-diaminononanoic酸,和Ca2 +(5)的三元复合酶,ATP模拟腺苷(β,gamma-methylene) diphosphonate和7,N7-carbamate 8-diaminononanoic酸、酶和(6)第四纪复杂,ATP模拟腺苷(β,gamma-methylene) diphosphonate 7 8-diaminononanoic酸,Mn2 +。一个分子的每个单体酶的底物结合。ADP和ATP模拟结合经典的单核苷酸结合褶皱与磷酸磷酸基接近绑定循环Gly8之间——Thr16 beta-strandβ1和α螺旋的n端α1。腺嘌呤环之间的绑定在一个口袋里beta-strandsββ6和7所示。在第四纪复杂Mn2 +,发现金属结合位点附近的β-和gamma-phosphate团体。两个氧原子从磷酸盐和氧原子Asp54的侧链,Thr16, Glu115配体在第四纪Mn2 +离子复杂。在复杂的N7-carbamate ADP和7,8-diaminononanoic酸在Ca2 +离子的存在,不同的金属结合位点。Ca2 +离子alpha-phosphate集团的协调是一个氧原子的核苷酸,Asp54的侧链和溶剂分子。7、8-diaminononanoic酸基质分子与残留两子单元,使二聚体的最小功能单位。 The diamino group binds between the loops after beta 2 and beta 4, and the terminal carboxyl group at the hydrophobic tail of the substrate interacts with the amino terminus of helix alpha 5 and with the side chain of Tyr187 in helix alpha 6 of the second subunit at the monomer-monomer interface. Strong additional electron density close to the N7 nitrogen atom of the 7,8-diaminononanoic acid substrate in some complexes indicates that, even in the absence of added bicarbonate in the crystallization mixture, the carbamylated intermediate is formed in the crystal.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)