反应机理的丙氨酸消旋酶芽孢杆菌stearothermophilus: x射线晶体研究的酶结合N -丙氨酸(5 ' -phosphopyridoxyl)。
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三上渡边,Yoshimura T, B, Hayashi H, Kagamiyama H,江崎N
反应机理的丙氨酸消旋酶芽孢杆菌stearothermophilus: x射线晶体研究的酶结合N -丙氨酸(5 ' -phosphopyridoxyl)。
生物化学杂志。2002年5月24日,277 (21):19166 - 72。Epub 2002年3月8日。
- PubMed ID
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11886871 (在PubMed]
- 文摘
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丙氨酸消旋酶的晶体结构与反应中间产物类似物,(N) - 5 ' -phosphopyridoxyl -L-alanine (PLP-L-Ala)和N - (5 ' -phosphopyridoxyl) -D-alanine (PLP-D-Ala),测定的晶体R因子为2.0 a分辨率17.2 PLP-L-Ala PLP-D-Ala复合物和16.9。他们不仅彼此也非常相似的结构原生吡哆醛5 '磷酸(PLP)—构成酶;均方根偏差在Calpha不到0.28的三个结构。氨基酸残基的侧链在PLP-L-Ala PLP-D-Ala互相几乎重合以及周围的的本地全酶。丙氨酸的alpha-hydrogen一半的PLP-L-Ala附近酪氨酸的哦(265)”,而PLP-D-Ala新西兰附近的赖氨酸(39)。这些支持先前的发现酪氨酸(265)和赖氨酸(39)催化基地移除alpha-hydrogen从L -和D-alanine,分别。这两种基本机制的先决条件是质子抽象从衬底转移(直接或间接)新西兰的赖氨酸(39)和酪氨酸的哦(265);否则,酶反应停止后一个营业额。只有羧酸盐的氧原子PLP-Ala对映体发生在一个合理的位置,可以调节质子转移;氨基酸侧链和水分子位于附近。 Therefore, we propose a mechanism of alanine racemase reaction in which the substrate carboxyl group directly participates in the catalysis by mediating the proton transfer between the two catalytic bases, Lys(39) and Tyr(265)'. The results of molecular orbital calculation also support this mechanism.