全基因组分析的作用在链霉菌属GlnR venezuelae放线菌全球氮监管提供了新的见解。
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Pullan圣,钱德拉G,龙头MJ,梅里克M
全基因组分析的作用在链霉菌属GlnR venezuelae放线菌全球氮监管提供了新的见解。
BMC基因组学。2011年4月4日,12:175。doi: 10.1186 / 1471-2164-12-175。
- PubMed ID
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21463507 (在PubMed]
- 文摘
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背景:GlnR非典型反应调节器放线菌中发现调节基因的转录变化而在氮的可用性。我们应用一个全球体内的方法来识别GlnR调节子的链霉菌属venezuelae,这与许多放线菌生长在扩散的方式,适用于生理研究。定义的条件,促进GlnR-dependent诱导基因表达的分析,以应对快速氮饥饿。微阵列分析确定全球转录差异glnR +和glnR不同氮条件下突变株。区分GlnR直接和间接监管的影响,染色质immuno-precipitation抗体(芯片)使用特定于FLAG-tagged GlnR蛋白质,再加上微阵列分析(ChIP-chip),是用来识别GlnR整个美国venezuelae基因组结合位点。结果:GlnR绑定到目标网站显然转录活跃的和不活跃的形式。36 GlnR结合位点被确定通过ChIP-chip分析允许推导GlnR-binding网站s venezuelae达成共识。GlnR-binding地区主要参与氮代谢相关的基因,次生代谢,分解代谢的酶的合成和运输相关的函数。结论:GlnR调节子的venezuelae广泛和对生物体的生物学的诸多方面的影响。GlnR显然可以绑定到目标网站在两个转录活跃的和不活跃的形式。